Różnice w podejściu lekarzy medycyny alopatycznej i alternatywnej do pojęcia zdrowia i choroby znajdują odbicie w diagnozowaniu i sposobie leczenia. Terapeuci medycyny alternatywnej twierdzą, że człowiek może wykorzystywać możliwości i energię pozytywnego myślenia do samodzielnej walki z chorobą. A więc, według nich, objawy nie są wynikiem schorzenia, ale oznaczają, że organizm podjął próbę autoterapii. Natomiast lekarze alopatyczni sądzą, że objawy są skutkiem choroby, zatem ich usunięcie będzie sprzyjać wyzdrowieniu. Terapeuci medycyny naturalnej twierdzą coś wręcz przeciwnego, a mianowicie, że błędem jest usuwanie symptomów, zmierzające rzekomo do usunięcia leżącego u ich podłoża schorzenia, i że takie postępowanie powoduje tylko głębsze „wtłoczenie” choroby do organizmu i rozwój kolejnych objawów.
Jeżeli dziecko ma gorączkę, lekarz pediatra prawdopodobnie zaleci paracetamol. Mimo że lek może spowodować obniżenie temperatury ciała dziecka, nie wyleczy choroby, która dalej trwa. Terapeuta alternatywny natomiast będzie uważał gorączkę za sygnał, że ciało walczy z chorobą. Wysoka temperatura powoduje, że organizm jest mniej podatny na nie kontrolowany wzrost bakterii, a więc broni się w naturalny sposób przed infekcją. Oczywiście wysoka gorączka bywa niebezpieczna i powinno się ją obniżyć.
